他可不是三代那样的老好人，一旦成为火影，一定会想办法彻底掌握木叶的一切权力，所有不听话的都会被毫不留情地铲除掉。

演戏当然要演全套，之后的日子里，绳树与大蛇丸的关系越来越疏远，而且矛盾也越来越大。而绳树一系的其他成员也因此分成两派，暗部与白牙的军部对大蛇为越来越不满，经常会在公开场合进行指责，直言大蛇丸忘恩负义浑然不顾当被绳树推荐他担任部长的恩情，居然投靠团藏这个搅屎棍。而自来也的教育部则为大蛇丸说好话，希望缓和双方的关系，而纲手的医疗却则保持中立两不相帮。

这种情况下，大蛇丸与绳树一系的关系渐行渐远，到最后彻底倒向根部。

团藏对绳树一系的内部矛盾是乐见其成，因此对大蛇丸更加满意起来，所以展开了更进一步的合作，大蛇丸在根部帮助下，建立了隐秘的地下实验室，专门进行人体实验与克隆研究。

团藏亲眼观摩了大蛇丸的实验过程，并且成功获得了部分蛇类细胞改造技术之后，自以为抓住了大蛇丸的把柄，可以完全掌控他，所以开始全力咫尺大蛇丸的研究计划，为此甚至暂停了根部的人员扩招。

在团藏看来，一旦克隆人与改造人计划完成，他便可以获得大量的优质兵团，比起连续失败了两次的根部精锐来说，明显更加划算。

而大蛇丸也没有和团藏客气，直接提出自己希望进行血继研究。而团藏本来就对血继的力量很感兴趣，所以直接下令根部满世界捕捉血继忍者。如果不是因为顾忌暗部，他甚至会对木叶的血继家族下手。

有了团藏的支持之后，大蛇丸在生物学上的造诣进步非快，各方面的研究都发展迅速。

当团藏得知大蛇丸从绳树那里获得了材料（白绝细胞），正在进行木遁细胞移植的研究之后，对于大蛇丸咫尺更加不留余力，浑然不知自己已经落入算计，一切都在为他人做嫁衣。

和绳树密谈之后，大蛇丸很快按照计划同意了团藏的合作要求，并将关于信的缺陷以及克隆人与改造人兵团的计划告诉了对方。

而团藏在得知信受到绳树的庇护，而且就算不计后果地透支使用也无法批量制造太多移植器官之后，虽然有些遗憾，但是却对大蛇丸的克隆计划产生了浓厚的兴趣。

之后果然还是如同绳树预料中的一样，团藏仍然如同之前承诺的那样与大蛇丸完成了第一次交易，没有打任何折扣。因为他的主要目的本来就是拉拢大蛇丸，现在对方的克隆计划已经表现出了巨大潜在价值，值得进行投资。

在第一次交易结束之后，团藏便对大蛇丸进行了进一步的拉拢，对与团藏提供的各种好处，大蛇丸来者不拒，这样的反应让团藏认为两者的关系越来越近。

随着时间的流逝，团藏觉得时机已经成熟，于是决定实行过一步的拉拢计划。他主动找到三代火影并提出让大蛇丸加入根部，辅助他完成事务的要求。

三代并不知道大蛇丸和团藏私下的合作，所以认为对方之所以会提出这种要求很可能是因为团藏的年龄大了，和自己一样有些力不从心，想要找一个分担事务。

而且三代虽然比较看好大蛇丸的能力，但是在他心中绳树更适合继承火影之位，所以认为让大蛇丸加入根部，是一次缓和双方关系的机会，因此特意就此事召开了一次高层会议进行商讨。

会议上，大多数高层都对此提议表示同意，只有绳树故作不快，并以大蛇丸身兼科研部长一职不宜分心为由进行反对。

经过一场唇枪舌剑的争论之后，最终以大蛇丸开设科研部为名义加入根部任职。

以大蛇丸的地位，完全就是根部的二把手，而且还有科研部这个独立机构，权力之大可想而知。